งานตรวจสอบภายใน เริ่มมีบทบาทในภาครัฐตั้งแต่ พ.ศ. 2505 ตามระเบียบการเบิกจ่ายเงินจากคลังของกระทรวงการคลังในสมัยนั้น ซึ่งได้กำหนดให้หัวหน้าส่วนราชการและผู้ว่าราชการจังหวัดแต่งตั้งข้าราชการอย่างน้อย 1 คน เพื่อทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายใน จากจุดนั้นงานตรวจสอบภายในภาครัฐได้พัฒนางานและมีความชัดเจนมากขึ้น มีระเบียบ หลักเกณฑ์ และข้อบังคับต่าง ๆรองรับการทำงานในส่วนที่เกี่ยวข้องกับงานตรวจสอบภายในภาครัฐ ได้รับการปรับปรุงและพัฒนาอย่างต่อเนื่อง มีการปรับระเบียบต่างๆที่เกี่ยวข้อง จนถึงปัจจุบันคือ ระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจภายในของส่วนราชการ พ.ศ. 2551 นอกจากนี้กรมบัญชีกลางได้มีการกำหนดแนวทางการประกันคุณภาพงานตรวจสอบภายในภาครัฐ
ลักษณะงานตรวจสอบภายในเป็นงานที่มีขอบเขตการทำงานกว้างขวาง ขึ้นอยู่กับการดำเนินงานขององค์กร มีจุดมุ่งหมายอยู่ที่การให้ความเชื่อมั่นแก่ผู้เกี่ยวข้อง ค้นหาข้อบกพร่องที่ทำให้เกิดความรั่วไหลของทรัพยากร หรือการปฏิบัติงานที่ยังไม่เต็มประสิทธิภาพ และพยายามลดหรือแก้ไขข้อบกพร่องนั้น ซึ่งจัดได้ว่างานตรวจสอบภายในเป็นส่วนหนึ่งของระบบการบริหารจัดการที่ดี (Good Governance )
เมื่อพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา และมีผลบังคับใช้ในวันที่ 15 มิถุนายน 2547 ทำให้สถาบันราชภัฏทั่วประเทศ เปลี่ยนสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยราชภัฏ มีลักษณะการดำเนินงานเป็นนิติบุคคล มีอิสระคล่องตัวในการบริหารจัดการในด้านต่าง ๆ สำหรับมหาวิทยาลัยราชภัฏภูเก็ต ได้มีการจัดตั้งหน่วยตรวจสอบภายในขึ้นตามมติสภามหาวิทยาลัยราชภัฏภูเก็ต ในคราวประชุม ครั้งที่ พิเศษ/2550 เมื่อวันที่ 2 มิถุนายน 2550 โดยมีประกาศมหาวิทยาลัยราชภัฏภูเก็ต เรื่อง การจัดตั้งส่วนราชการเป็นงานหรือที่เทียบเท่า ลงวันที่ 2 มิถุนายน 2550

ปัจจุบันหน่วยตรวจสอบภายใน มีอัตรากำลังจำนวน 2 คน คือ

  1. นางสาวธัญธัช สายพินิจ (ตำแหน่งเจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายใน)
  2. นางสาวปิยาพร รัฐพร (ตำแหน่งเจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายใน)